As eloqüentes representações de Luís de Góis, além dos anteriores conselhos do donatário Duarte Coelho, e, talvez, mais do que tudo, a notícia do lutuoso destino do donatário da Bahia, incitaram afinal o rei d. João III a interessar-se seriamente pela colonização do Brasil.
A princípio, cogitou, de fato, apenas de pequenos auxílios: mandaria alguns navios com provisões e novos colonos; cederia a uma companhia de negociantes o monopólio e a proteção do Brasil. Felizmente, porém, a conselho do experimentado donatário Pero de Góis, estes mesquinhos projetos foram abandonados e, em seu lugar, lançou-se mão, mais uma vez, de uma providência de vulto, como se fazia mister. Foi resolvido que a própria coroa se interessaria na colonização brasileira e fundaria neste país uma capitania real, que deveria ser bastante forte para proporcionar às demais auxílio e proteção, toda vez que disso precisassem.
Para sede de tal estabelecimento foi escolhida a antiga capitania da Bahia, preferida por estar situada como que no ponto geográfico central da então América portuguesa; e os herdeiros do donatário Francisco Pereira Coutinho, completamente empobrecidos, não podendo pensar em tomar posse da sua capitania, concordaram do melhor grado em cedê-la de novo à coroa, mediante uma renda anual hereditária de 400$000.