A voz do povo decidiu-se pelo primeiro e tumultuosamente foi ele aclamado rei; a sorte das armas, porém, se decidiu pelo último, e após pequena resistência submeteu-se todo o Portugal ao vencedor, no que foi acompanhado pelas colônias portuguesas. Assim também o Brasil. Verdade é que apareceram ali, em 1581, diversos navios franceses com cartas do prior do Crato, nas quais ele exigia submissão, como mais próximo herdeiro e rei aclamado; a mensagem, porém, chegou tarde demais, pois já haviam as autoridades reconhecido o rei de Espanha, além de que viera sob uma bandeira, que os brasileiros desde muito estavam habituados a considerar como a de seus mais acirrados inimigos e, assim, foi ela rejeitada sem mais cerimônia. As capitanias, uma após outra, prestaram submissão ao rei Filipe II, provisoriamente com simples manifestações de contentamento, e mais tarde, por ordem expressa, foi-lhe prestado o juramento formal na Bahia, aos 25 de maio de 1582.
Esta mudança na dinastia quase não fez diferença alguma no direito público de Portugal e suas colônias, pois no parlamento, em Tomar, concedeu Filipe II que, entre ambos os reinos da Península Ibérica, a união se efetuaria somente na pessoa do monarca: Portugal conservaria a sua língua, as suas leis, as suas colônias, e tanto aqui, como lá, ocupariam os cargos somente os filhos do país.
Estas promessas, todavia, não foram estritamente cumpridas e, assim, Portugal sentiu-se dentro de pouco tempo profundamente ferido na sua nacionalidade, execrando a imposta dominação espanhola.
Diferentemente sucedia no Brasil: aqui se sentiam as pequenas humilhações menos apaixonadamente que além-mar, pois para o Brasil era de fato indiferente que o seu rei residisse em Lisboa ou em Madri, que fosse um português ou um espanhol ocupar os mais importantes cargos da colônia.